MALDI-UP – Ein offener Katalog für Datenbank-Einträge von Anwendern für Anwender auf MALDI-TOF-MS-user-platform.ua-bw.de

Ein Bericht aus unserem Laboralltag

Ein neuer Weg zum fachlichen Austausch

Die MALDI-TOF-Massenspektrometrie (MALDI-TOF MS) zeigt in Forschungs- und Routinelaboratorien eine rasant steigende Verbreitung. Die Geräte kombinieren dabei eine Matrix-unterstützte Laser Desorption/Ionisation (MALDI) mit einem Flugzeitanalysator (time of flight, TOF) zur Massenspektrometrie (MS). Hiermit können große Biopolymere, wie beispielsweise Proteine aus Mikroorganismen, Fisch oder Fleisch relativ schonend analysiert werden.


Die Technik wird dabei bisher insbesondere zur Differenzierung von Bakterien und anderen Mikroorganismen in der klinischen Mikrobiologie, der veterinärmedizinischen Diagnostik oder der Lebensmittelmikrobiologie eingesetzt. Die Identifizierung eines unbekannten Mikroorganismus gelingt hier durch Vergleich des erhaltenen Massenspektrums mit den in einer Datenbank hinterlegten Referenzen. Diese Datenbank ist für die Identifizierung von zentraler Bedeutung.


Die von den meisten Anwendern eingesetzten Systeme aus Gerät und Software lassen neben dem Einsatz der umfangreichen Hersteller-Datenbanken auch eigene Einträge zu. Diese sind innerhalb einer Geräteplattform übertragbar. Somit können durch eigene Datenbankeinträge diagnostische Lücken schneller geschlossen werden. Dies gilt aus unserer Erfahrung insbesondere für eine Reihe spezieller Mikroorganismen aus der veterinärmedizinischen Mikrobiologie. Für andere Untersuchungsgebiete, wie beispielsweise die Unterscheidung von Tierarten per MALDI-TOF MS, werden bisher kaum Datenbanken angeboten, obwohl diese einen weiten Anwenderkreis interessieren.


Um Angaben über vorhandene, qualitativ hochwertige Datenbankeinträge von Anwendern für Anwender zur Verfügung zu stellen, haben wir einen „offenen Katalog“ im Internet unter http://maldi-tof-ms-user-platform.ua-bw.de bzw. kurz http://maldi-up.ua-bw.de veröffentlicht. Der Katalog wird im Rahmen der Internetpräsenz „UA-BW“ auf einer Subdomain gepflegt und in festen Abständen aktualisiert.

 

Screenshot.

Abbildung 1: Screenshot der Startseite

 

Der Katalog in MALDI-UP bietet in einheitlicher Form breite Informationen zu Speziesnamen, Isolatnummer, Asservat sowie Angaben zur Isolat-Benennung (z.B. molekularbiologische Identifizierung, biochemische Daten) und zu den technischen Details des Eintrages (Geräteplattform, Kultivierung, Präparation etc.). Der Überblick über bereits vorhandene Datenbankeinträge und vor allem der wissenschaftliche Kontakt zu dem verantwortlichen Ersteller/ Besitzer des Datenbankeintrages sollen auf diese Weise gefördert werden. Es werden in MALDI-UP keine eigentlichen Datenbankeinträge zum freien Download hinterlegt. Somit werden die Rechte am Eintrag selbst und der Update-Prozess der Gerätelieferanten nicht berührt.


Der Katalog in MALDI-UP steht den Anwendern unter den auf der Homepage vorgegebenen Bedingungen für die Veröffentlichung von Informationen zu eigenen Datenbank-Einträgen offen. Hierzu kann der vorhandene Katalog (Excel) heruntergeladen und um eigene Zeilen im vorgeschlagenen Format ergänzt werden. Nach Versand an die Adresse maldi-up@ua-bw.de werden die ergänzten Zeilen geprüft, ggf. fehlende Daten angefragt und die Zeile anschließend im nächsten Update des Kataloges aufgelistet.


Jeder Informationen bereitstellende Anwender ist mit seinen Kontaktdaten hinterlegt und beantwortet die Anfragen nach seinen Datenbankeinträgen selbst. Somit kann der bereitstellende Anwender den Austausch mit den Fachkollegen selber steuern.


Das aktuelle Konzept wurde unter Mitwirkung von Mitarbeitern des CVUA Stuttgart und des Landesbetrieb Hessisches Landeslabor erstellt. Kommentare und Anregungen können uns über maldi-up@ua-bw.de erreichen.

 

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Abbildung 2: Schematischer Aufbau eines MALDI-TOF Massenspektrometers

 

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Abbildung 3: Typisches Massenspektrum und daraus berechnetes reduziertes Spektrum (MSP; unten)

 

 

Download

 

Sollten Sie Probleme mit dem Download haben, wenden Sie sich bitte per E-Mail an uns. Vielen Dank!

Direkter Link zum PDF-Dokument

 

Bildernachweis

CVUA Stuttgart

 

 

Autor(en): J. Rau, R. Sting (CVUA Stuttgart); T. Eisenberg (Landesbetrieb Hessisches Landeslabor Gießen)

 

Bericht erschienen am 04.09.2015 11:53:20

Zuletzt aktualisiert am 15.10.2015 09:31:42